É uma história bem básica sobre um garoto praticando as artes do ninjutsu, lutando contra o mal e tentando encontrar sua mãe.
O jovem Fujimaru foi arrancado de sua mãe por uma águia e resgatado por um ninja chamado Sasuke, que o criou e lhe ensinou técnicas ninja.
Mais tarde, Fujimaru embarca em uma busca para encontrar sua mãe, encontra seu arquiinimigo e aprende sobre um livro secreto que contém artes ninja secretas.
A série é bem antiga, mas retrata diversas técnicas ninjas clássicas, como manipulação elementar (fogo e vento), criação de clones ilusórios e respiração através de um junco.
